Powiatowa Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Mogilnie działa w oparciu o ustawę z dnia 14 marca 1985r o Państwowej Inspekcji Sanitarnej,   ustawę z dnia z dnia 15 kwietnia 2011r o działalności leczniczej, ustawę o finansach publicznych z dnia 27 sierpnia 2009r.  

Podstawowym celem działania Powiatowej Stacji jest ochrona zdrowia ludzkiego poprzez sprawowanie zapobiegawczego i biżącego nadzoru sanitarnego oraz prowadzenie działalności zapobiegawczej i przeciwepiodemicznej w zakresie chorób zakażnych i innych chorób powodowanych warunkami środowiska, a także prowadzenie działalności w zakresie  profilaktyki chorób i promocji zdrowia.